С 14 по 18 ноября 2006 года следователи Генпрокуратуры и ФСБ провели обыски в Фонде обязательного медицинского страхования (ФОМС) и задержали руководителя фонда Андрея Таранова, четверых его заместителей, а также начальников нескольких управлений и региональных отделений. Чиновников обвинили в нецелевом использовании бюджетных средств и получении взяток за включение частных фирм в программу дополнительного лекарственного обеспечения. Одновременно прошли обыски в офисах крупных фармдистрибуторов, в том числе у гендиректора ЗАО "Центр внедрения "Протек"" Виталия Смердова. Следствие утверждало, что чиновники получили несколько десятков миллионов долларов взяток.
15 августа 2007 года Виталий Смердов был вызван на допрос и задержан. 17 августа Генпрокуратура предъявила ему обвинение в даче взяток. К концу года часть чиновников фонда пошла на контакт со следствием, и мера пресечения им была изменена на подписку о невыезде. В СИЗО остались только Андрей Таранов и его бывшие заместители Наталья Климова и Дмитрий Усенко, отказавшиеся признать свою вину.
27 февраля 2008 года стало известно, что следственный комитет при прокуратуре завершил следственные действия и обвиняемые приступили к ознакомлению с 89 томами уголовного дела. По сведениям защиты Андрея Таранова, ему в итоге инкриминировали всего три "взяточных" эпизода на общую сумму 187 тыс. 500 руб. (изначально заявлялось о 55 случаях получения взяток). Из предполагаемых взяткодателей в уголовном деле фигурирует только господин Смердов. Его обвиняют в даче взяток на общую сумму $50 тыс. бывшему заместителю директора ФОМС Наталье Климовой в 2006 году. Остальные взяткодатели, активно сотрудничавшие со следствием, стали свидетелями обвинения.