История компании ведет начало с 1989 года, когда один из ее основателей, Евгений Касперский, написал свой первый компьютерный антивирус. В 1991 году в дистрибуторской компании "Ками" был сформирован софтверный департамент, из которого позже выросла "Лаборатория". Самостоятельной структурой она стала в 1997 году. С тех пор она вышла на международный рынок и стала ведущим разработчиком антивирусного ПО в России с долей рынка почти 60%.
По данным компании, в первом полугодии 2007 года пользователи России и СНГ приобрели продукции "Лаборатории" на $26 млн. Рост продаж в регионе по сравнению с аналогичным периодом 2006 года вырос на 130%. В настоящее время компания имеет 11 зарубежных представительств, в том числе во Франции, Швеции, Японии и Китае.