14 сентября 2007 года СБУ обратилась в Генпрокуратуру с представлением о возбуждении уголовного дела в отношении Николая Рудьковского за распространение заведомо неправдивой информации: в прямом телеэфире 4 сентября 2007 года господин Рудьковский заявил, что секретариат президента якобы готовит масштабную катастрофу с человеческими жертвами. Дело не было возбуждено, поскольку Генпрокуратура не нашла в действиях господина Рудьковского состава преступления.
В начале декабря 2007 года СБУ заявила о возбуждении уголовного дела в отношении Николая Рудьковского по ч. 5. ст. 191 УК ("растрата имущества в особо крупных размерах путем злоупотребления служебным положением"), предусматривающей лишение свободы сроком до 12 лет с лишением права занимать определенные должности и конфискацией имущества. 14 декабря он был вызван на допрос в связи с расследованием дела о растрате 392,9 тыс. грн государственных средств на оплату личного чартера в Париж и обратно с 9 по 12 июня 2007 года.
24 декабря 2007 года завершилось расследование по этому делу и было предъявлено обвинение. Господину Рудьковскому инкриминируется также чартер в Брюссель, обошедшийся Минтрансу в $98 тыс.
24 января 2008 года в прокуратуру Киева были переданы материалы о предполагаемой незаконной растрате Николаем Рудьковским бюджетных средств в размере 122 тыс. грн на оплату визита делегации Минтранса в столицу Японии Токио с 7 по 13 июля 2007 года.
8 февраля 2008 года МВД установило, что в IV квартале 2007 года Николай Рудьковский с нарушением законодательства разрешил отчуждение объектов недвижимости 36-го объединенного отряда Государственной специальной службы транспорта, что нанесло государственному бюджету ущерб в размере 8,5 млн грн.