Родилась 21 июня 1953 в Карачи и была первым ребенком Зульфикара Али Бхутто, президента и премьер-министра Пакистана с 1971 по 1977 годы. Окончила среднюю школу в Карачи, продолжила образование в Гарварде, а затем в Оксфордском университете. Там она изучала философию, политологию и экономику. Закончила дополнительные курсы по международному праву и дипломатии.
К моменту окончания университета в 1977 году, на родине Бхутто произошел военный переворот под предводительство генерала Мухаммеда Зия-уль-Хака. Ее отец, который возглавлял тогда правительство Пакистана, был схвачен и брошен в тюрьму. Вместе с ним в застенках оказалась и сама Беназир Бхутто.
В 1985 году Беназир Бхутто вернулась в Пакистан, возглавила и преобразовала партию отца - Пакистанскую народную партию . В 1988 году народная партия Пакистана одержала победу на всеобщих парламентских выборах, а Беназир Бхутто стала первой женщиной, возглавившей правительство в мусульманской стране. Однако, через два года ее правительство было отправлено в отставку из-за обвинений в коррупции. Второй раз премьером страны Беназир Бхутто в 1993 году, на этот раз продержавшись у власти три года.
В 1999 году Беназир Бхутто, обвиненная в коррупции, вновь отправилась в изгнание. Между тем, в июне 2006 года суд выдал санкцию на арест Бхутто и ее мужа, занимавшего в ее правительстве пост министра по инвестициям. Министерству внутренних дел было поручено принять меры к их задержанию по линии Интерпола.
В начале октября 2007 года президент Пакистана, генерал Мушарраф подписал декрет о национальном согласии, предусматривающий амнистию политическим деятелям, занимавшим государственные посты в Пакистане с 1988 по 1999 годы. В результате многие заговорили о возможном возвращении Бхутто.
18 октября 2007 года Беназир Бхутто прилетела в аэропорт Карачи. Когда она вышла на улицу, прогремел взрыв, унесших жизни более 130 сторонников народной партии Пакистана. Тем не менее, чудом оставшись в живых, Бхутто не отказалась принять участие в парламентских выборах страны 2008 года.