Создан 15 сентября 1995 года, является одним из десяти кассационных судов, действующих в России. Суд рассматривает кассационные жалобы на решения арбитражных судов Москвы и Московской области, вступившие в законную силу, а также на постановления Девятого и Десятого арбитражных апелляционных судов. В день в суде разрешается около 70 споров, среди которых преобладают налоговые. Для большинства дел постановления Федерального арбитражного суд Московского округа являются окончательными, поскольку Высший арбитражный суд пересматривает дела в исключительных случаях. 31 января 2007 года состоялось открытие нового здания суда — единственного в Москве, построенного по мировым стандартам. Здание состоит из двух корпусов — служебного (для персонала суда) и общественного. Доступ посетителей и журналистов в общественную зону, где проходят судебные заседания, максимально упрощен.