Председатель пресс-службы Пенсионного фонда РФ 14 декабря подтвердил, что глава фонда Геннадий Батанов подал прошение об отставке в связи с выходом на пенсию. Однако, по словам вице-премьера, главы аппарата правительства Сергея Нарышкина, премьер-министр Виктор Зубков еще не подписал поданное в кабинет министров прошение.
В то же время, в Счетной палате считают, что прошение Батанова об отставке может быть вызвано обнаруженными в результате проверки в пенсионном фонде нарушениями. По словам одного из представителей Счетной палаты, "нарушения связаны с нецелевым использованием денежных средств" и могут иметь отношения к поставкам дорогостоящего оборудования.
В сентябре Счетная палата сообщила, что выявила несколько проблем в деятельности фонда. Сотрудники Счетной палаты остались недовольны ростом незавершенного строительства в системе Пенсионного фонда. К началу года его объем составлял 1,6 млрд руб.
В начале декабря 2006 года сотрудники следственного комитета при МВД России провели в Пенсионном фонде, а также в московском офисе IBM и крупных российских IT-компаниях "Ланит" и R-Style обыски. Следствие подозревало, что ПФР закупал оборудование для системы персонифицированного учета по завышенным ценам.
Тогда предполагалось, что эта и другие проверки в фонде были связаны с деятельностью фонда по созданию и поддержанию системы персонифицированного учета граждан. Эта система начала создаваться в 1996 году, когда ПФР руководил Василий Барчук. В 1999 году главой фонда стал Михаил Зурабов, который и инициировал проект пенсионной реформы, ключевым звеном которой является система персонифицированного учета граждан. Запуск ее в полноценном рабочем режиме в 2003 году году сопровождался целым рядом мероприятий с участием первых лиц государства.
2 апреля 2003 года президент России Владимир Путин, посетив отделение Пенсионного фонда в Тамбове, ознакомился с принципами работы этой системы и отметил ее эффективность. А 27 июня 2003 года в Москве состоялась презентация в информационном центре Пенсионного фонда, на которой присутствовал премьер Михаил Касьянов. Михаил Зурабов тогда сообщил, что созданная им система не имеет аналогов в Европе, а технологический комплекс печати и рассылки документов в сутки рассылает до 600 тыс. уведомлений о состоянии счетов.