Государственный комитет РФ по рыболовству создан указом президента 25 сентября 2007 года на основе Федерального агентства по рыболовству. Сохранил все функции агентства по оказанию государственных услуг и управлению госимуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности. Получил функции Министерства сельского хозяйства в сфере рыболовства, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота, изучения, сохранения, воспроизводства и использования водных биологических ресурсов, а также функции Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору в сфере контроля и надзора за водными биологическими ресурсами и средой их обитания. Комитет напрямую подчинен правительству.