Европейский суд по правам человека обратился к правительству РФ с просьбой представить объяснения мотивов заключения под стражу мэра Томска Александра Макарова. Мэр обвиняется в злоупотреблении должностными полномочиями, вымогательстве и незаконном участии в предпринимательской деятельности (ст. 285, 163 и 289 УК РФ). Кроме того, в отношении мэра возбуждено уголовное дело по факту хранения наркотических веществ (ст. 228 УК РФ).
Как сообщила представитель Александра Макарова Надежда Древаль, Евросуд просит правительство России до 29 ноября ответить на 15 вопросов. Один из них - почему в отношении мэра нет возможности применить меру пресечения “домашний арест”. Она сказала также, что "в Европейский суд обжаловали именно арест. По мнению адвокатов, избрание меры пресечения в виде содержания под стражей в декабре 2006 года нарушает права их подзащитного, гарантированные Европейской конвенцией о защите прав человека и основных свобод, ратифицированной РФ в марте 1998 года".
В марте 2007 года адвокаты Александра Макарова подали жалобу на арест мэра в Европейский суд. Жалоба была принята к производству и суд решил рассматривать ее в ускоренном режиме. По словам Надежды Древаль, "рассмотрение дела должно начаться вскоре после ответа правительства РФ и будет происходить в открытом режиме, а документы, относящиеся к делу, будут опубликованы на официальном сайте Европейского суда".
Прокуратура Томской области 11 декабря 2006 года предъявила Александру Макарову обвинение по двум статьям УК РФ – 163 и 285 ("вымогательство" и "злоупотребление должностными полномочиями"). 25 декабря в отношении мэра было возбуждено уголовное дело по ст. 285 и 289 УК РФ("вымогательство" и "незаконное участие в предпринимательской деятельности"). В Томской облпрокуратуре утверждали, что господину Макарову "как минимум год принадлежало 30% активов ООО 'Городской торговый центр' (ГТЦ), в собственности которого находится здание по ул. Красноармейская, 44".
В январе 2007 года прокуратура предъявила Александру Макарову обвинение в злоупотреблении должностными полномочиями при назначении в 1997 году на должность директора унитарного муниципального предприятия (УМП) "Томский центр оптовой торговли" "подставного лица, которое действовало в его интересах, и организовал акционирование предприятия и его реорганизацию". По сведениям прокуратуры, в сентябре 2005 года Макаров получил 30% акций УМП по номинальной стоимости, а затем и ранее обещанную долю в этом предприятии, с которой в период с января по декабрь 2006 года получал дивиденды. Обвинение в хранении наркотических веществ в особо крупном размере было предъявлено мэру после обыска в квартире обнаруженных при обыске в его квартир, где он проживал супругой Тамарой Лемницкой.