Несмотря на то, что механизмы обращения депозитных сертификатов и векселей имеют много общего (в частности, доход и по тем, и по другим облагается налогом в 15% для предприятий и 18% для банков), сертификаты постепенно вытесняются векселями.
Основной причиной этого является то, что в отличие от векселя депозитные сертификаты не могут использоваться в качестве эффективного расчетного или платежного средства. Хотя в письме ЦБ России "О сберегательных и депозитных сертификатах" от 10 февраля 1992 года для сертификатов и предусматривается возможность цессии (передачи прав другому юридическому или физическому лицу), их использование в качестве средства расчетов сильно ограничено. Так, в случае передачи прав на депозитный сертификат Сбербанка России другому лицу, банк не начисляет ежемесячного процента (доход по сертификату в этом случае выплачивается по окончании срока его обращения). В отличие от депозитного сертификата конечный держатель векселя имеет право обратить свои требования по всей цепочке его бывших владельцев, а не только на первоначального эмитента (чтобы предыдущие владельцы векселей не отвечали по обязательствам, передаточная надпись должна содержать фразу "без оборота на меня").
То же самое письмо Центрального банка обязывает эмитентов депозитных сертификатов в обязательном порядке уведомлять территориальные подразделения ЦБ об условиях предстоящего выпуска; в отношении векселей такое требование отсутствует. Кроме того, в случае нарушения эмитентом действующего законодательства ЦБ имеет право аннулировать выпуск депозитных сертификатов и принять решение о возврате средств вкладчикам.