Группа 1
"Севилья" (Испания) или АЕК (Греция)--"Зальцбург" (Австрия); "Нюрнберг" (Германия)--"Рапид" (Румыния); "Мидтьюлланд" (Дания)-- "Локомотив" (Россия); "Работнички" (Македония)--"Болтон" (Англия); "Гронинген" (Голландия)--"Фиорентина" (Италия).
Группа 2
"Вильярреал" (Испания)--БАТЭ (Белоруссия); "Байер" (Германия)--"Лейрия" (Португалия); "Зенит" (Россия)--"Стандард" (Бельгия); "Сьон" (Швейцария)--"Галатасарай" (Турция); "Эвертон" (Англия)--"Металлист" (Украина).
Группа 3
"Панатинаикос" (Греция)--"Артмедиа" (Словакия); "Бордо" (Франция)--"Тампере" (Финляндия); "Спарта" (Чехия)--"Оденсе" (Дания); "Атлетико" (Испания)--"Эрджиеспор" (Турция); "Цюрих" (Швейцария)--"Эмполи" (Италия).
Группа 4
"Пакуш де Феррейра" (Португалия)--"Алкмар" (Голландия); "Рапид" (Австрия)--"Андерлехт" (Бельгия); "Сошо" (Франция)--"Паниониос" (Греция); "Сампдория" (Италия)--"Ольборг" (Дания); "Спартак" (Россия)--"Хакен" (Швеция).
Группа 5
"Динамо" (Хорватия)--"Аякс" (Голландия); "Млада" (Чехия)--"Палермо" (Италия); "Лариса" (Греция)--"Блэкберн" (Англия); "Хаммарбю" (Швеция)--"Брага" (Португалия); "Ренн" (Франция)--"Локомотив" (Болгария).
Группа 6
"Бавария" (Германия)--"Белененсеш" (Португалия); "Бранн" (Норвегия)--"Брюгге" (Бельгия); "Херенвен" (Голландия)--"Хельсинборг" (Швеция); "Абердин" (Шотландия)--"Днепр" (Украина); "Тулуза" (Франция)--ЦСКА (Болгария).
Группа 7
"Сараево" (Босния)--"Базель" (Швейцария); "Арис" (Греция)--"Сарагоса" (Испания); "Гамбург" (Германия)--"Литекс" (Болгария); "Аустрия" (Австрия)--"Валеренга" (Норвегия); АИК (Швеция)--"Хапоэль" (Тель-Авив, Израиль).
Группа 8
"Ланс" (Франция)--"Копенгаген" (Дания); "Тоттенхэм" (Англия)--"Анортосис" (Кипр); "Динамо" (Румыния)--"Эльфсборг" (Швеция); "Хетафе" (Испания)--"Твенте" (Швеция); "Гроцлин" (Польша)--"Црвена Звезда" (Сербия).
Матчи пройдут 20 сентября и 4 октября. Победители формируют группы следующего этапа. Соперник "Зальцбурга" определится 3 сентября в ответном матче третьего квалификационного раунда Лиги чемпионов между "Севильей" и греческим АЕК. Игра была перенесена c 28 августа из-за смерти Антонио Пуэрты.