Зарегистрирована 12 мая 1993 года в соответствии с постановлением правительства от 15 апреля 1993 года. При создании в ЮКОС вошли "Юганскнефтегаз" и три НПЗ в Самарской области. В 1995 году основным акционером компании стала Group MENATEP, в которой 9,5% принадлежали Михаилу Ходорковскому, 8% — Леониду Невзлину, по 7% Михаилу Брудно, Василию Шахновскому, Платону Лебедеву и Владимиру Дубову, а также трастовому фонду, бенефициаром которого был Михаил Ходорковский. В 2003 году ЮКОС, вторая по величине российская нефтекомпания после ЛУКОЙЛа, собирался объединиться с "Сибнефтью" Романа Абрамовича, чтобы создать четвертую в мире нефтекомпанию "ЮкосСибнефть", однако сделка сорвалась. В середине 2003 года началось уголовное преследование руководителей и акционеров ЮКОСа, которые обвинялись в неуплате налогов и мошенничестве. В дальнейшем некоторые, в том числе Михаил Ходорковский и Платон Лебедев, получили длительные сроки тюремного заключения, остальные покинули страну. Самому ЮКОСу были доначислены налоговые претензии почти на $30 млрд. В конце 2004 года за долги был продан основной актив компании — "Юганскнефтегаз". В начале 2006 года новый владелец "Юганскнефтегаза" — государственная "Роснефть" выкупила долг ЮКОСа перед западными банками и инициировала банкротство компании. Утвержденные судом долги ЮКОСа составили 709 млрд руб., из них более 690 млрд руб. приходилось на долю "Роснефти" и Федеральной налоговой службы. Весной 2007 году все значительные активы ЮКОСа были распроданы на аукционе, и их основным покупателем оказалась "Роснефть", ставшая в результате крупнейшей российской нефтекомпанией. Срок банкротства ЮКОСа истекает в начале августа, но конкурсный управляющий компании Эдуард Ребгун будет ходатайствовать о его продлении на полгода.