Президент Украины Виктор Ющенко
назначил Сергея Пирожкова чрезвычайным и полномочным послом Украины в Молдавии, освободив от этой должности Петра Чалого, который занимал ее с 2000 года.
58-летний Сергей Пирожков в 1991 году в рамках НАНУ создал Институт стратегических исследований, который возглавлял пять лет. С июня 1997 года работал директором Национального института украинско-российских отношений при СНБО Украины, который с марта 2001 года переименован в Национальный институт проблем международной безопасности. В октябре 2001 года президент Леонид Кучма назначил господина Пирожкова заместителем секретаря СНБО Украины. В октябре 2005 года президент Виктор Ющенко переназначил его на должность заместителя секретаря СНБО по вопросам безопасности во внешнеполитической сфере. 1 ноября 2005 года указом главы государства господин Пирожков был назначен на должность директора Национального института проблем международной безопасности;