Более десяти лет длится спор из-за земель в Химкинском районе, неподалеку от аэропорта Шереметьево. В 1995 году Мосгордума включила Шереметьево и ряд прилегающих территорий в состав столицы. Власти Московской области с этим решением не согласились и в 1996 году сдали эти земли в аренду ОАО "Международный аэропорт Шереметьево" сроком на 99 лет. Москва попыталась оспорить право области получать арендные платежи в суде, однако потерпела неудачу. В 2001 году столичные власти сдали один из спорных участков в аренду ОАО "Шереметьево-Карго", но 8 ноября 2006 года президиум Высшего арбитражного суда признал договор ничтожным, подтвердив права властей области на землю вокруг Шереметьево.
Аналогичный конфликт возник в середине 90-х годов из-за территории, примыкающей к внешней стороне Московской кольцевой автомобильной дороги. Москва настаивает на том, что граница с областью должна проходить с внешней стороны МКАД в 45 м от осевой линии дороги, то есть в 20-25 м от ее бровки. Областные власти считают, что достаточно зоны водостока (5 м от края дороги). В результате власти обоих субъектов федерации претендуют на налоги владельцев АЗС и магазинов, расположенных с внешней стороны МКАД.
Существует также конфликт из-за подмосковного поселка Толстопальцево, что недалеко от аэропорта Внуково. В советское время сюда активно переселяли москвичей из реконструируемых районов, и поселок получил "московскую принадлежность". В 90-х годах подмосковные власти попытались сами распоряжаться землей в Толстопальцеве, что вызвало негативную реакцию столичной мэрии.
Всего специальные согласительные комиссии властей и Москвы, и Московской области рассматривали вопрос о принадлежности порядка 30 спорных участков земли, примерно по 20 из них стороны смогли договориться.