В конце 90-х Сейф аль-Ислам Каддафи основал благотворительный фонд своего имени. В 2000 году он спонсировал освобождение европейцев, взятых в заложники боевиками группировки "Абу-Сайяф" на Филиппинах. В 2002 году он объявил о начале сбора средств на нужды голодающих детей в Северной Корее.
В 2003 году сын ливийского лидера стал одним из инициаторов сближения Триполи с Западом и выхода страны из международной изоляции. В интервью он говорил, что давно стремится съездить в Париж и организовать там выставку собственных картин, но ему не дают визу.
21 августа 2006 года Сейф аль-Ислам Каддафи раскритиковал существующий в Ливии политический строй. Он призвал положить конец "революционной эры" и приступить к строительству нормального государства, живущего по конституции, а не по "Зеленой книге". "Демократической системы, о которой мы мечтали, не существует",— заявил он, сказав, что чиновники присваивают общественное богатство. Через десять дней Муамар Каддафи поддержал сына: выступая на празднике в честь 37-летия революции, он заявил, что не позволит никому "украсть власть у народа".
В декабре 2006 года Сейф аль-Ислам Каддафи объявил, что его борьба за проведение либеральных реформ сталкивается с сопротивлением госаппарата, это вынуждает его покинуть страну и уехать работать за рубеж. Заявление вызвало шок у многочисленных поклонников господина Каддафи-младшего как в Ливии, так и на Западе. Во многих мировых, арабских и западных СМИ появились публикации, призывающие Сейф аль-Ислама не покидать родину, а продолжить бороться за либеральные реформы в Ливии. Через неделю Сейф аль-Ислам Каддафи отправился с официальным визитом в Марокко в качестве спецпредставителя своего отца и провел переговоры с королем Мухаммедом VI. Никаких сообщений о том, что господин Каддафи-младший намерен покинуть Ливию, больше не появлялось.