6 марта 2006 года юридическая компания Clifford Chance CIS, представляющая интересы банков--кредиторов НК ЮКОС во главе с Societe Generale, подала в Московский арбитражный суд заявление о банкротстве компании. 14 марта требования банков на $482 млн были выкуплены "Роснефтью". 28 марта суд ввел в ЮКОСе процедуру наблюдения.
17 июля арбитраж завершил проверку требований кредиторов, заявленных для участия в первом собрании. К этому моменту в суд успели обратиться 43 кредитора с требованиями более чем на 630 млрд руб. Обоснованными были признаны требования 30 кредиторов примерно на 492 млрд руб. 1 августа ЮКОС признан банкротом.
По состоянию на 12 октября, когда реестр требований кредиторов ЮКОСа был закрыт, в него вошли 37 кредиторов, претендующих на 586,6 млрд руб. Крупнейшими кредиторами стали Федеральная налоговая служба с требованиями на 311,73 млрд руб., ОАО "Юганскнефтегаз" (его правопреемником является ОАО "Роснефть") — около 109 млрд руб., ОАО "Роснефть" — около 150 млрд руб. Впоследствии суд еще четырежды (16, 20, 27 ноября и 25 декабря) включал в реестр дополнительные требования, прежде всего в пользу налоговиков. Одновременно были отвергнуты претензии на 230 млрд руб. от аффилированных с ЮКОСом компаний.
В настоящее время в реестре 66 кредиторов, претендующих на 705,8 млрд руб. ($26,6 млрд). 407,6 млрд руб. компания должна государству, "Роснефти" (включая "Юганскнефтегаз") — 263,7 млрд руб., "Томскнефти" ("дочка" ЮКОСа) — 12,25 млрд руб.