— борьбу с преступлениями в сфере таможенного дела
— совершенствование таможенного контроля и таможенного оформления грузов
— организацию ведения валютного контроля и контроля за вывозом стратегических товаров
— ведение таможенной статистики
— обеспечение госорганов, предприятий и граждан информацией по таможенным вопросам
— укрепление материально-технической базы и развитие социальной сферы таможенной системы
— строительство и обустройство автомобильных пунктов пропуска через границы
— строительство таможенных складов, складов временного хранения, других объектов
— финансирование мероприятий, связанных с материально-бытовых обеспечением и социальной защитой таможенников "в части, не покрываемой бюджетным финансированием"
— содержание научно-исследовательских учреждений ГТК
— финансирование предприятий системы ГТК, деятельность которых пополняет средства фонда
— пополнение фондов материального поощрения и социально-культурных мероприятий таможенных органов (не более 75% фонда оплаты труда)