7 июля 2005 года главы "Газпрома" Алексей Миллер и Shell Йерун ван дер Веер подписали меморандум об обмене доли Shell в 25% плюс одна акция в проекте "Сахалин-2" на 50% в предприятии "Заполярное — неокомские залежи". Через неделю Shell объявила об увеличении затрат на второй этап проекта с $12 млрд до $20 млрд. После этого "Газпром" приостановил переговоры об обмене, считая, что теперь Shell должна компенсировать разницу в стоимости активов.
20 июля 2006 года Минприроды начало комплексную экологическую проверку компании Sakhalin Energy (оператор "Сахалина-2"). Еще до ее завершения замглавы Росприроднадзора Олег Митволь заявил, что обжалует заключение государственной экологической экспертизы на проект. 30 августа по результатам проверки объявлено о загрязнении окружающей среды и решено провести более детальное исследование.
5 сентября помощник президента Игорь Шувалов высказал мнение, что участникам "Сахалина-2" надо отказаться от соглашения о разделе продукции и перейти в национальный режим налогообложения. 16 сентября 2006 года Росприроднадзор поддержала Генпрокуратура. 18 сентября глава Минприроды Юрий Трутнев отменил положительное заключение экоэкспертизы. 25 сентября началась новая проверка экологии проекта.
6 октября Счетная палата обнародовала доклад, по которому "Сахалин-2" "продолжает реализовываться на невыгодных условиях для России". 25 октября Минприроды заявило, что материалы на подрядчиков Sakhalin Energy передадут в прокуратуру. 8 декабря президент Владимир Путин провел заседание Совета безопасности по вопросу освоения шельфа. По сведениям Ъ, на нем было решено провести новые проверки иностранных операторов.