В декабре 2002 года квалификационная коллегия судей Кемеровской области прекратила полномочия судьи Ленинского районного суда Андрея Юферова "по порочащим основаниям". Причиной стали решения судьи, которые он принимал против акционеров компании "Илим Палп Энтерпрайз" во время ее борьбы с "Базовым элементом" за Братский и Котласский ЦБК.
В мае 2004 года квалификационная коллегия судей Москвы лишила полномочий судью Мосгорсуда Ольгу Кудешкину, которая вела процесс следователя МВД Павла Зайцева, обвинявшегося в злоупотреблениях при расследовании дела "Трех китов" и "Гранда". Полномочия судьи были прекращены "за подрыв доверия граждан к суду" после ее публичной критики в адрес председателя Мосгорсуда Ольги Егоровой и Генпрокуратуры, которых она обвинила в давлении.
В июне 2005 года высшая квалификационная коллегия судей прекратила полномочия судьи Девятого апелляционного арбитражного суда Влады Близнец. В апреле замглавы ФНС Борис Король написал в Высший арбитражный суд и в Высшую квалификационную коллегию судей письма с обвинением госпожи Близнец в "неквалифицированном рассмотрении дел и предвзятом негативном отношении к налоговым органам". Он в качестве доказательств привел дела, в которых судья приняла решения в пользу аффилированных с НК ЮКОС компаний — ООО "Фаргойл" и ООО "Институт юридической информации". Однако формальным поводом для наказания стала техническая ошибка в другом деле.