В 1981-1999 годах Юрий Бойко работал на рубежанском химзаводе "Заря" (Луганская область), где прошел путь от мастера производственного отдела до генерального директора.
В 1999-2001 годах — генеральный директор АО "Лисичанскнефтеоргсинтез" (Лисичанский НПЗ, Луганская область).
С августа 2001 года до февраля 2002 года — председатель правления АО "Укртатнафта" (Кременчугский НПЗ, Полтавская область).
С 31 января 2002 года до марта 2005 года — председатель правления НАК "Нафтогаз Украины", одновременно был заместителем госсекретаря Минтопэнерго, а с июля 2003 года — первым заместителем министра топлива и энергетики.
23 апреля 2005 года на первом всеукраинском съезде Республиканской партии Украины Юрий Бойко был избран ее председателем.