В марте 2004 года Счетная палата признала незаконным перечисление ГДВМ 1,9 млн грн корпорации "Укрзооветпромпостач" — приказ об этом подписал Петр Вербицкий.
В апреле 2004 года по распоряжению председателя ГДВМ Петра Вербицкого и его первого заместителя Владимира Горжеева было задержано 3 тыс. т норвежской рыбы. В результате Норвегия приостановила переговоры о вступлении Украины в ВТО, а норвежские рыбопромышленники заявили о приостановке поставок на Украину. Действия ГДВМ были признаны незаконными, и департамент был оштрафован на сумму 600 тыс. грн.
На протяжении июля-августа 2004 года глава ГДВМ Петр Вербицкий и заместитель министра аграрной политики Юрий Мельник трижды вносили на рассмотрение Кабмина вопрос о квотировании импорта рыбы и рыбопродукции. Операторы рыбного рынка заявляли, что такой шаг — попытка лоббирования интересов нескольких коммерческих структур, приближенных к тогдашнему руководству Минагрополитики, так как квотирование бессмысленно: украинский флот не занимается добычей океанической рыбы. Все предложения о квотировании были отклонены.
В октябре 2005 года Петр Вербицкий заявил о необходимости выделения 15 млн грн на закупку вакцины от птичьего гриппа. Министр аграрной политики Александр Баранивский в ответ обвинил главу ГДВМ в финансовых махинациях. По словам министра, Петр Вербицкий попросил 15 млн грн для закупки несуществующей вакцины. Кроме того, согласно нормам Международного эпизоотического бюро, странам, которые проводят вакцинацию птиц, запрещено экспортировать мясо птицы на протяжении пяти лет.
В августе, октябре и декабре 2005 года были пресечены три попытки ввоза с Украины на территорию Российской Федерации одной и той же партии весом 100 т "говядины бескостной" производства Новой Зеландии. "Внешний вид мяса более соответствует не говядине, а мясу буйвола, основным производителем которого является Индия, стационарно неблагополучная по ящуру, чуме крупного рогатого скота и другим особо опасным инфекционным болезням животных",— говорилось в сообщении российского минсельхоза.
15 мая 2006 года министр аграрной политики Александр Баранивский создал оперативную рабочую группу для проверки документов, переданных в министерство редакцией Ъ. Согласно этим материалам, на протяжении 2006 года на Украину с большим количеством нарушений законодательства было поставлено 75 т мясной продукции и субпродуктов новозеландской Wallace Corporation Ltd — компании, специализирующейся на переработке трупов павших животных.
29 мая 2006 года в Ильичевский морской торговый порт из грузинского порта Поти пришло 280 т бескостной говядины, произведенной, согласно сопроводительным документам, в Австралии. После того как копия ветеринарного сертификата была направлена для проверки ее подлинности в посольство Австралии на Украине, вагоны с грузом были загружены обратно на паром, который вышел из акватории порта в неизвестном направлении. Как удалось выяснить Ъ, согласно экспедиторской базе данных, контейнеры приписаны к мореходной линии между Грузией и Индией — страны, импорт мясопродукции из которой на Украину и во многие другие страны запрещен.