5 октября 1991 года принял участие в захвате отрядом боевиков здания КГБ Чечено-Ингушской АССР.
9 ноября 1991 года руководил угоном пассажирского самолета Ту-154 из Минвод в Анкару.
В 1992-1993 годах участвовал в грузино-абхазской войне в должности командующего войсками Конфедерации народов Кавказа.
14 июня 1995 года до 200 террористов под командованием Басаева напали на Буденновск и захватили более 1 тыс. человек. В результате акции 129 человек погибли.
7 августа 1999 года Басаев возглавил нападение на Дагестан. В ходе боев были убиты 126 военных.
В сентябре 1999 года в результате взрывов трех жилых домов в Москве и Волгодонске погибли более 230 человек. В апреле 2003 года генпрокуратура РФ официально обвинила Басаева в организации взрывов.
23 октября 2002 года в Москве 41 боевик захватил в заложники более 900 зрителей и актеров мюзикла "Норд-Ост". При штурме 129 заложников погибло. Шамиль Басаев признался, что выступил организатором теракта.
27 декабря 2002 года в Грозном подорван Дом правительства, погибли более 70 человек. 25 февраля 2003 года Басаев взял на себя ответственность за организацию теракта.
В 2003 году совершен теракты на рок-фестивале "Крылья" в Москве, в электричке в Ессентуках, у гостиницы "Националь". Ответственность взял на себя Шамиль Басаев.
9 мая 2004 года в Грозном в результате взрыва погиб президент Чечни Ахмат Кадыров. Басаев заявил, что он является заказчиком убийства.
В ночь на 22 июня 2004 года в результате рейда боевиков на Ингушетию убиты 97 человек. Боевики распространили видеозапись с обращением Басаева во время атаки.
В августе--сентябре 2004 года Басаев взял ответственность за серию терактов: взрывы пассажирских лайнеров Ту-134 и Ту-154 (93 человека погибли), захват школы в Беслане (330 человек погибли).
13 октября 2005 года ваххабиты напали на Нальчик, погибли 24 человека. Шамиль Басаев заявил о причастности к нападению.