Председатель правления Общественного фонда для создания в Москве храма, музея и других сооружений в память о жертвах политических репрессий с 1917 по 1985 год Сергей Зуев в 2003 году направил обращение к думе Таймырского АО с просьбой вернуть острову Расторгуева в Карском море дореволюционное название — остров Адмирала Колчака. Фонд поддержали Русское географическое общество, Конгресс интеллигенции России, командование ВМФ, Русская православная церковь. 15 июля 2005 года председатель российского правительства Михаил Фрадков удовлетворил постановление окружной думы и подписал постановление о переименовании.
В 2004 году фонд обратился в КС жалобой, в которой оспаривал конституционность части 3 статьи 377 УПК РСФСР, согласно которой осужденный, оправданный, их защитники, законные представители несовершеннолетних, потерпевший и его представитель, гражданский истец, гражданский ответчик и их представители могут быть приглашены на заседание суда, рассматривающего дело в порядке надзора, по решению этого суда. По мнению заявителя, эта норма позволила военному суду Забайкальского военного округа в нарушение статьи 123, части 3 Конституции Российской Федерации рассмотреть 26 января 1999 года в отсутствие представителей А. В. Колчака дело по заключению военного прокурора Забайкальского военного округа на постановление Иркутского военно-революционного комитета о расстреле А. В. Колчака и вынести определение, которым в его реабилитации и признании жертвой политической (внесудебной) репрессии было отказано. Суд ответил ему отказом, указав, что подобное дело уже было им рассмотрено: в постановлении 14 февраля 2000 года КС признал эту норму УПК РСФСР не соответствующей Конституции.
16 декабря 2005 года фонд и еще несколько общественных организаций обратились к думе Таймырского (Долгано-Ненецкого) АО с просьбой рассмотреть возможность возвращения имен императора Николая II и цесаревича Алексея двум географическим объектам на Таймыре — архипелагу Северная Земля и острову Малый Таймыр. Эту просьбу поддерживают также Минкульт, Минобороны, Институт российской истории РАН, Институт естествознания и техники РАН.