В 2005 году ФСБ пресекла деятельность 26 сотрудников иностранных спецслужб (в 2004 году разоблачили 18 шпионов). "Локализована" деятельность 67 лиц, причастных к спецслужбам и организациям иностранных государств (в том числе 4 граждан России). Из России выдворены 13 иностранцев, связанных со спецслужбами, отказано во въезде 6 дипломатическим работникам. Количество лиц, которым "обоснованно закрыт" въезд в РФ, возросло до 110 866 человек (в 2002 году их было 8243).
Продуктивно шла работа по возбуждению дел по статьям 283 ("Разглашение гостайны) и 205 ("Терроризм"). В 2005 году ФСБ России расследовала 141 уголовное дело о преступлениях террористического характера в отношении 232 человек. В результате спецопераций на Северном Кавказе уничтожены более 300 боевиков. Среди них, как сообщала ФСБ, "главный представитель 'Аль-Каиды' на Северном Кавказе Абу-Омар ас-Сейф". Вторым крупным обезвреженным международным террористом является Абу-Дзейт.
Также органы ФСБ отрапортовали о задержании ряда ученых. В октябре 2005 года контрразведчики добились ареста руководителей компании "ЦНИИМАШ-Экспорт" — гендиректора Игоря Решетина, его заместителей Сергея Твердохлебова и Александра Рожкина. Они, по версии следствия, передавали китайцам технологии двойного назначения. Была поставлена точка в деле красноярского физика Валентина Данилова: в июне Верховный суд сократил ему срок на один год, и ученый отправился на 13 лет в колонию.
Рос уровень материально-технического оснащения ФСБ: контрразведка получила новый самолет Ту-154М, укомплектованный спецоборудованием. Помимо этого руководителями и рядовыми сотрудниками ФСБ проведено более 120 совместных мероприятий с зарубежными партнерами.
Успешно проявили себя органы госбезопасности и на фронте административной борьбы. Так и не состоялось выделение следственного управления ФСБ в состав новой Федеральной службы расследований, хотя панические слухи об этом ходили среди контрразведчиков весь год.
Тем не менее ФСБ все же понесла в прошедшем году тяжелую структурную утрату: в июле президент РФ подписал указ о передаче следственных изоляторов госбезопасности (в том числе известного СИЗО "Лефортово") в ведение Минюста.
Несмотря на впечатляющий рост выявленных шпионов и агентов, в 2005 году в СМИ не сообщалось о возбуждении уголовных дел или приговорах по "профильным" для ФСБ статьям 275 ("Государственная измена") и 276 ("Шпионаж"). ФСБ пришлось снять с директора Института проблем сверхпластичности металлов РАН Оскара Кайбышева обвинение по статье 283 ("Разглашение гостайны) в силу отсутствия "достаточных документальных доказательств". В итоге "шпионское дело" развалилось, и теперь уфимский ученый обвиняется в незаконной передаче двойных технологий, растрате и злоупотреблении полномочиями.
В 2005 году в Чечне погибли 11 бойцов Центра специального назначения ФСБ (бывшие "Альфа" и "Вымпел"), в том числе 4 — при ликвидации боевиков и 7 — в разбившемся под Грозным 10 марта вертолете (всего с 1979 года погибло 67 бойцов спецподразделений госбезопасности).