Ни по объему прямых инвестиций в экономику России, ни по их структуре Япония не играет ведущей роли среди внешнеэкономических партнеров России. По данным российских ведомств, инвестиции японских коммерческих структур в виде вкладов в уставные фонды совместных предприятий (СП) на середину 1993 года составили около $1,44 млн. Более 90% японского капитала в России вложено в СП, занимающиеся переработкой морепродуктов, заготовкой древесины и деревообработкой. Половина из всех действующих российско-японских СП занимаются консалтингом и посредничеством, но в них инвестировано менее 10% японского капитала в России. По количеству и объему инвестиций СП с японским капиталом занимают 12 место среди всех зарегистрированных в России совместных предприятий.
Более существенны внешнеторговые связи двух стран. Объем товарооборота России и Японии, по данным японских статистических органов, в 1992 году составил $3,249 млн. Российский экспорт составил $1,569 млн, а импорт — $1,680 млн. По сравнению с 1991 годом товарооборот снизился на 20%. В структуре российского экспорта, как и в предыдущие годы, продолжали доминировать каменный уголь (22%), лес и пиломатериалы (17%), рыба и морепродукты (16%), драгоценные металлы и камни (16%). Основной статьей российского импорта традиционно являются машины и оборудование, на долю которых приходится 77% всего импорта японских товаров. 50% российского импорта составляет аудио- и видеотехника, медицинские приборы, вычислительная техника.
Российско-японские экономические соглашения позволяют прогнозировать увеличение доли машин и оборудования производственного назначения в структуре российского импорта. В тоже время станет постепенно происходить повышение доли готовой продукции, экспортируемой в Японию, хотя и без изменения структуры экспорта, поскольку приоритетные направления двустороннего сотрудничества, определенные совместной декларацией, сосредоточены в областях, интересующих в первую очередь японский бизнес.