11 ноября 1991 года президент Борис Ельцин назначил главой администрации области председателя исполкома Омского облсовета Леонида Полежаева. После этого он еще трижды избирался на эту должность и на момент своей отставки в 2012 году был рекордсменом по времени, проведенному во главе региона России.
На выборах 17 декабря 1995 года Леонид Полежаев победил с результатом 59,62%, а в 1999 году — с результатом 57,03%. Руководитель депутатской группы КПРФ заксобрания области Владимир Дорохин пытался оспорить в суде регистрацию господина Полежаева в 1999 году, так как, согласно уставу Омской области, одно и то же лицо не могло быть губернатором более двух сроков подряд. Однако суд встал на сторону губернатора, постановив, что тот имел право участвовать в выборах второй раз, так как до 1995 года он являлся назначенным, а не избранным главой региона.
В 2003 году Конституционный суд позволил главам регионов переизбираться на третий и четвертый сроки. На выборах 7 сентября 2003 года Леонид Полежаев набрал 55,96% голосов избирателей. В 2005 году он вступил в «Единую Россию». В 2007 году господин Полежаев был переназначен заксобранием области по представлению президента на пять лет.
Широко освещался в СМИ конфликт губернатора с мэром Омска Виктором Шрейдером, который привел к уходу последнего из региона в Госдуму в декабре 2011 года. На думских выборах в 2011 году «Единая Россия» получила низкий результат в области, после чего Леонид Полежаев заявил, что не будет претендовать на новый губернаторский срок.
9 апреля 2012 года область по представлению президента возглавил депутат заксобрания Омской области Виктор Назаров. В сентябре 2015 года на выборах он был избран на второй срок, набрав 60,02% голосов. Свой пост по собственному желанию господин Назаров покинул в 2017 году. Врио главы региона стал Александр Бурков, ранее занимавший должность председателя Свердловского отделения «Справедливой России».
10 сентября 2018 года в выборах губернатора Омской области Александр Бурков участвовал в качестве самовыдвиженца и набрал 82,56%. В марте 2023 года он ушел в отставку, врио главы региона стал глава правительства ДНР Виталий Хоценко.
На думских выборах 2021 года «Единая Россия» победила с 32,9% (в целом по стране — 49,82%). В 2018 году на выборах президента России Владимир Путин набрал в крае 67,42% (по стране — 76,69%).