15 ноября 2000 года Министерство по антимонопольной политике (МАП) отказалось одобрить сделку по приобретению Уральской горно-металлургической компанией (УГМК) контрольных пакетов акций АО "Сафьяновская медь" и Гайского горно-обогатительного комбината (ГОК). Замминистра по антимонопольной политике Наталия Фонарева пояснила, что переход "Сафьяновской меди" и Гайского ГОКа под контроль УГМК "может привести к незаконной концентрации производителей меди в рамках одного холдинга". Руководству УГМК удалось убедить чиновников антимонопольного ведомства одобрить сделку только к 29 апреля 2002 года.
В сентябре 1998 года МАП запретил АО "Верхне-Салдинское металлургическое производственное объединение" (ВСМПО) сделку по обмену 30% своих акций на 70% акций пермского титаномагниевого комбината "Ависма". В ведомстве решили, что сделка, которая фактически ставит пермский комбинат под контроль ВСМПО, приведет к созданию абсолютного монополиста на рынке титановых сплавов. К 21 декабря 2000 года ВСМПО удалось убедить антимонопольные органы в законности сделки, и 15 января 2001 года сделка состоялась.
5 сентября 2002 года МАП не разрешил ОАО "Росвагонмаш" покупку контрольного пакета акций Новочеркасского электровозостроительного завода (НЭВЗ). Эксперты ведомства обосновали решение тем, что МПС является одним из крупнейших потребителей продукции НЭВЗа и переход завода под его контроль может нанести ущерб другим потребителям новочеркасского предприятия.
11 февраля 2004 года МАП отказался одобрить сделку по приобретению компанией "Росгосстрах" 70-процентного пакета акций башкирской страховой компании "Социнвест". Эксперты ведомства обвинили "Росгосстрах" в попытке занять доминирующее положение на рынке страховых услуг Башкирии.