Конфликт вокруг предприятия, крупнейшими акционерами которого являются АФК "Система" и ЗАО ИВК, начался в 1998 году. Тогда, как заявляли в "Системе", представители ИВК списали по подложным документам на свои счета 35% акций предприятия. Также в корпорации утверждали, что в 2001 году в результате нелегитимного собрания акционеров завод возглавил лояльный ИВК директор Владимир Чепко. В 2002 году, после серии судебных разбирательств, конфликт между "Системой" и ИВК перерос в активные боевые действия.
22 августа 2002 года имущество "Кванта" было арестовано по иску одного из акционеров, а предприятие возглавил представитель АФК "Система" Сергей Кабаев.
29 августа 2002 года, после отмены решения суда об аресте, завод вновь возглавил Владимир Чепко. В АФК "Система" заявили, что на самом деле имел место захват предприятия.
11 декабря 2002 года, опираясь на решение Ленинского районного суда Санкт-Петербурга, на "Квант" вернулся Сергей Кабаев. В ИВК утверждали, что он пришел на предприятие в сопровождении сотрудников ЧОПов и запретил Владимиру Чепко появляться на заводе. С того момента управление предприятием осуществляется администрацией, лояльной АФК "Система" и входящему и в АФК концерну "Научный центр".