В списке дочерних и зависимых обществ ЮКОСа 49 компаний (включая "Юганскнефтегаз", который компания по-прежнему считает своим). Наиболее интересные добывающие и перерабатывающие структуры ЮКОСа, которые до сих пор не были проданы (в том числе из-за запрета хьюстонского суда на отчуждение активов), это ОАО "Самаранефтегаз" (100% акций), ОАО "Томскнефть" (100%), ОАО "Восточно-Сибирская нефтегазовая компания" (70,77%), ОАО "Куйбышевский нефтеперерабатывающий завод" (100%), ОАО "Новокуйбышевский нефтеперерабатывающий завод" (100%), ОАО "Сызранский нефтеперерабатывающий завод" (100%), ОАО "Ангарская нефтехимическая компания" (100%), ОАО "Ачинский нефтеперерабатывающий завод Восточной нефтяной компании" (100%), ЗАО "Отрадненский газоперерабатывающий завод" (98,1%), ЗАО "Нефтегорский газоперерабатывающий завод" (98,1%), ЗАО "Уренгойл Инк." (100%), ОАО "Арктическая газовая компания" (100%), ОАО "Нефтегазтехнология" (100%) и ОАО "Ангарский завод полимеров" (100%).