Московский муниципальный театр «Новая опера» был основан в 1991 году знаменитым дирижером Евгением Колобовым (1946–2003) после его ухода из Музыкального театра имени Станиславского и Немировича-Данченко. Создание нового театра поддержал тогдашний мэр Москвы Юрий Лужков. В первые годы театр показывал свои спектакли на разных московских площадках, а в 1997 году было достроено и торжественно открыто современное здание «Новой оперы» в саду «Эрмитаж».
Многие артисты, начинавшие свою карьеру именно в «Новой опере», впоследствии стали оперными солистами с международным успехом и признанием (Екатерина Сюрина, Василий Ладюк, Игорь Головатенко и др.). После смерти Евгения Колобова театр продолжал сотрудничество с выдающимися дирижерами — пост музыкального руководителя «Новой оперы» занимали, в частности, Эри Клас (2006–2011) и Ян Латам-Кёниг (2011–2018). Важная часть истории театра — осуществленные на его сцене первые московские и российские постановки опер как классиков XIX века, так и современных композиторов.
В 2006 году театру было присвоено имя Евгения Колобова.