Летом 1999 года петербургское управление МАПа обвинило местные топливные компании (Петербургскую топливную компанию, "Фаэтон", "Несте", "Шелл", "Киришинефтеоргсинтез") в ценовом сговоре и повышении цен во время бензинового кризиса весной 1999 года. После двух лет разбирательств суд признал компании виновными в сговоре, однако запретил МАПу штрафовать их.
13 августа 2001 года МАП возбудил дело в отношении правительства Москвы по признакам нарушения закона "О защите конкуренции на рынке финансовых услуг": мэрия уполномочила Банк Москвы обслуживать бюджетные счета, предоставив ему преимущества. 3 сентября 2001 года МАП признал мэрию виновной и предписал отменить распоряжение Юрия Лужкова о передаче счетов Банку Москвы. Конфликт мэрии, Банка Москвы и МАПа длился около года и завершился поражением МАПа.
В декабре 2003 года МАП возбудил дело в отношении Федеральной энергетической комиссии, "Газпрома" и "Межрегионгаза". По данным МАПа, эти структуры фактически отлучили газораспределительные компании южных регионов — Краснодарского края, Астраханской и Ростовской областей — от бизнеса по продаже газа, ограничив их деятельность транспортировкой. 15 января 2004 года коллегия МАПа признала факт нарушения. 6 февраля 2004 года МАП выдал нарушителям предписание прекратить согласованные действия при продаже газа конечным потребителям.
13 февраля 2004 года МАП возбудил дело в отношении Государственного таможенного комитета и его страхового брокера "РОСТЭК-Гарант" по признакам нарушения антимонопольного законодательства на рынке ОСАГО. По мнению МАПа, в результате действий нарушителей продавать полисы ОСАГО на таможенных пунктах могло ограниченное число компаний, получивших конкурентные преимущества. 25 августа дело прекращено, так как ГТК добровольно прекратил нарушения.
В начале лета 2004 года ФАС обвинила более 15 региональных подразделений нефтяных компаний (в том числе ЛУКОЙЛа и "Роснефти") в картельном сговоре с целью повышения цен на бензин. Однако ФАС не смогла доказать факты сговора, и через несколько месяцев дела были прекращены.
18 августа 2004 года ФАС возбудила дело в отношении "Газпрома", "Межрегионгаза" и "Сургутгазпрома", препятствовавших доступу независимых поставщиков газа — ЗАО "Роспан", ООО "Нортгаз" и ОАО НОВАТЭК — к Единой системе газоснабжения. 20 октября комиссия ФАС признала указанные компании виновными, однако "Газпром" заявил о намерении обжаловать это решение в суде.