21 ноября 2000 года в Мосгорсуде гособвинителем по делу обвиненного в шпионаже гражданина США Эдмонда Поупа вместо Олега Плотникова был назначен Юрий Волгин. Было объявлено, что у обвинителя Плотникова гипертонический криз. За день до этого защита ходатайствовала о смене Олега Плотникова в связи с тем, что его сын Юрий якобы входил в состав следственной группы ФСБ, занимавшейся делом Поупа, что запрещено законом. 30 ноября Юрий Волгин потребовал для Поупа 20 лет лишения свободы. 6 декабря американец был осужден на 20 лет строгого режима, 14 декабря помилован президентом.
10 июля 2001 года в Мосгорсуде сменен гособвинитель по делу дипломата Валентина Моисеева, обвиненного в шпионаже в пользу Южной Кореи: вместо Игоря Дубкова назначен прокурор Главной военной прокуратуры Андрей Титов. Замена мотивирована принятием нового закона "О порядке избрания народных заседателей". Защита заявила отвод новому обвинителю на том основании, что гражданское лицо не может обвинять военный прокурор, но он остался без удовлетворения. 13 августа обвинитель Титов потребовал для подсудимого 12 лет тюрьмы. 14 августа 2001 года дипломат был осужден на 4,5 года, 31 декабря 2002 года — освобожден.
1 июля 2002 года в суде Северо-Кавказского военного округа сменился гособвинитель по делу Юрия Буданова, обвинявшегося в убийстве чеченки Эльзы Кунгаевой. Старший советник юстиции Сергей Назаров, просивший оправдать подсудимого, приказом министра обороны был досрочно уволен в запас "по состоянию здоровья". Новым гособвинителем назначен помощник Главного военного прокурора РФ Владимир Милованов. 17 июля он потребовал осудить Юрия Буданова на 12 лет с лишением воинского звания и наград. 25 июля 2003 года Буданов был осужден на 10 лет с лишением звания и наград.
23 апреля 2003 года Наро-Фоминский горсуд возобновил слушания по делу Тамары Рохлиной, обвинявшейся в убийстве своего мужа генерала Льва Рохлина. Было объявлено, что прежний гособвинитель Борис Локтионов перешел на работу в Мосгорпрокуратуру. Вместо него назначен Михаил Декань. Борис Локтионов, представлявший обвинение с октября 2001 года, заявлял, что имеется много доказательств вины Тамары Рохлиной. Его преемник Михаил Декань также указал, что в "деле достаточно убедительных доказательств вины". Суд продолжается.
26 августа 2003 года Мосгорсуд возобновил процесс по делу следователя Павла Зайцева, обвиненного в превышении полномочий при расследовании дела о контрабанде мебели, которая реализовывалась в торговых центрах "Три кита" и "Гранд". Процесс начался 23 апреля, но заседатели взяли самоотвод, заявив, что гособвинитель Генпрокуратуры Дмитрий Шохин оказывает на них негативное влияние. 26 августа его место занял Камиль Кашаев, который отказался от ряда пунктов обвинения. 3 ноября 2003 года Павел Зайцев приговорен к двум годам условного заключения с испытательным сроком один год.