Биотехнология включена в технологические процессы в следующих отраслях:
пищевой промышленности — производство дрожжей, ферментов, углеводов, спиртов;
сельском хозяйстве — производство удобрений, кормов и кормовых добавок (пищевые белки и аминокислоты), средств защиты растений от болезней и вредителей, стимуляторов роста растений и животных. Особое место занимают методы выращивания растений из клеточной культуры для получения семенного материала, "чистого" от вирусов. Методы генной инженерии используются для выведения биологических форм с заданными свойствами;
фармакологической промышленности — производство витаминов, антибиотиков, гормональных препаратов, средств стимуляции иммунитета, вакцин, реагентов для диагностики;
парфюмерной промышленности — производство разного рода кремов, эмульсий, шампуней и других косметических средств;
энергетике — использование микроорганизмов для переработки и утилизации отходов и побочных продуктов сельскохозяйственного и промышленного производства в топливо (этот процесс называется биоконверсией). Например — переработка отходов животноводческих ферм в биогаз (широко используется в Индии), производство биотехнологическими методами этилового спирта для его использования в качестве автомобильного топлива (опыт использования такой технологии есть в Бразилии);
добывающей промышленности (биогеотехнология) — добыча и переработка рудных ископаемых, нефти и газа. Для получения железа, меди, цинка используется свойство некоторых микроорганизмов переводить металлы в растворимые соединения (выщелачивание из руд). Существуют (и используются) микроорганизмы, способные химически связывать золото;
приборостроении — создание для нужд этой отрасли особо чистых веществ и других веществ с заданными свойствами. Например, биосенсоров — искусственных элементов, способных распознавать микроколичества веществ.
Возможны и другие классификации биотехнологии: — по типу процесса (например, генная инженерия) или по его особым условиям (космическая биотехнология). Космическая биотехнология, в частности, имеет очень большой технологический и коммерческий потенциал. В условиях невесомости уже получены препараты, стимулирующий образование красных кровяных телец, созданы белковые кристаллы большого размера, применяемые для получения высокочистых материалов. Эти процессы невоспроизводимы в земных условиях, а их продукты (стоимость которых измеряется миллионами долларов за грамм) незаменимы для ряда высокотехнологичных производств.