30 октября 2003 года департамент госбезопасности Литвы передал руководству сейма и парламентских фракций документы, по мнению ДГБ, свидетельствующие о связях окружения президента страны Роландаса Паксаса с "международной преступностью". 3 ноября генпрокуратура Литвы допросила руководителя авиаремонтного холдинга Avia Baltika Юрия Борисова, который в 2002 году в качестве спонсора выделил $400 тыс. на предвыборную кампанию Роландаса Паксаса. 1 декабря временная комиссия сейма пришла к выводу, что президент может находиться "под влиянием ряда лиц", в том числе Юрия Борисова, что "создает угрозу национальной безопасности".
18 декабря сейм создал комиссию по расследованию фактов, которые могли бы стать основанием для вынесения президенту импичмента. Президент обвинялся в том, что: "стал и продолжает быть уязвимым"; "составляет угрозу для национальной безопасности"; не обеспечил сохранение гостайны; "влиял на деятельность частных хозяйственных субъектов"; "не согласовывал в своей деятельности общественные и частные интересы"; "дискредитировал авторитет власти"; "создал предпосылки для злоупотреблений отдельных госслужащих". 19 февраля 2004 года сейм утвердил выводы комиссии, признавшей обоснованными обвинения по всем пунктам, и принял постановление о начале процесса импичмента.
31 марта конституционный суд Литвы констатировал, что Роландас Паксас трижды нарушил конституцию: незаконно предоставил гражданство Юрию Борисову; не обеспечил сохранность гостайны; оказал давление на принятие решений частными лицами и компаниями. 6 апреля депутаты сейма проголосовали за импичмент. 25 мая конституционный суд запретил экс-президенту участвовать в новых выборах главы государства, состоявшихся 13 июня.
30 апреля прокуратура предъявила Роландасу Паксасу обвинение в разглашении гостайны, выразившееся в предупреждении Юрия Борисова о слежке со стороны спецслужб. Экс-президенту грозило 3 года тюрьмы или штраф в $3,3 тыс. 19 мая дело передано в Вильнюсский окружной суд, который начал рассматривать его 15 июля. 20 мая генпрокуратура Литвы сообщила, что расследуется также дело по обвинению экс-президента в злоупотреблении служебным положением. По мнению следствия, он принуждал владельцев дорожно-строительной фирмы Zemaitijos keliai отдать акции лицам из своего ближайшего окружения. 25 октября стало известно, что генпрокуратура прекратила расследование.