Создано 15 мая 2018 года в результате разделения Министерства образования и науки на Министерство просвещения и Министерство науки и высшего образования. В ведении министерства находится высшее и соответствующее дополнительное профессиональное образование, научная, научно-техническая и инновационная деятельность, нанотехнологии, развитие федеральных центров науки и высоких технологий, государственных научных центров и наукоградов.
В функции ведомства входит также управление государственным имуществом в сфере высшего и дополнительного образования. С 21 января 2020 года министерство возглавляет Валерий Фальков. Запланированные расходы федерального бюджета на деятельность министерства на 2021 год — 567,5 млрд руб.