В 1980 году после серии пограничных столкновений Ирак объявил войну Ирану, в ходе которой погибло около миллиона человек. Тегеран утверждает, что 20 тыс. иранцев были убиты иракским химическим оружием.
В 1988 году на севере Ирака началось восстание курдов, которое Саддам Хусейн жестоко подавил. В ходе боевых действий иракские войска использовали химическое оружие. Еще одно восстание курдов, вспыхнувшее в 1991 году, также было жестоко подавлено.В августе 1990 года Ирак напал на Кувейт. Иракских солдат обвиняют в разграблении эмирата, а также в пытках и казнях кувейтцев. Кувейт утверждает, что сотни его граждан были угнаны в Ирак. Иракские солдаты также подожгли более 700 кувейтских нефтяных вышек и открыли нефтепроводы, через которые нефть выливалась в Персидский залив. После войны Саддам Хусейн подавил восстание шиитов на юге Ирака.
Израиль намерен предъявить обвинения Саддаму Хусейну в связи с обстрелом Израиля ракетами Scud в ходе войны в Персидском заливе. На территории Израиля упали 39 иракских ракет, двое израильтян были убиты.
Бывшему диктатору могут быть также предъявлены обвинения в пытках и массовых убийствах граждан Ирака. На территории страны было найдено около 270 братских могил, в которых, как полагают, находятся останки десятков тысяч человек.