Летом того же года несколько тысяч боевиков ИДУ попытались прорваться на территорию Узбекистана через Баткенский район Киргизии. Лишь в октябре в результате совместной операции киргизских и узбекских войск боевики были вытеснены и вместе с лидерами Джумой Намангани и Тахиром Юлдашевым укрылись на территории Афганистана.
В начале 2002 года, через несколько месяцев после начала американской операции против талибов, военное командование США объявило о гибели Джумы Намангани. Правда, стопроцентного подтверждения эта информация до сих пор не получила.Тогда же сообщалось и о гибели другого лидера ИДУ — Тахира Юлдашева. Однако на днях эта версия была опровергнута. Как сообщил в субботу представитель министерства обороны Пакистана генерал Шаукат Султан, в боях между правительственными войсками и боевиками "Аль-Каиды" в Южном Вазиристане неподалеку от пакистано-афганской границы Тахир Юлдашев был ранен и сейчас скрывается.