Создано 12 мая 2008 года путем преобразования одноименного госкомитета. Является федеральным органом исполнительной власти, находится в ведении Минсельхоза. Осуществляет надзор в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов во внутренних водах, надзор за торговым мореплаванием, управляет госимуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, обеспечивает безопасность мореплавания и аварийно-спасательных работ в районах промысла.
Расходы федерального бюджета на агентство в 2020 году — 25,53 млрд руб. Запланированные расходы на 2021 год — 18,3 млрд руб. По предварительным данным Росстата, объем экспорта рыбы, рыбопродуктов и морепродуктов за январь—октябрь 2020 года составил 1 912,5 тыс. тонн, что на 124,5 тыс. тонн (7%) больше аналогичного периода 2019 года. В денежном выражении экспорт за январь—октябрь составил $4,34 млрд, что на 2,3% меньше аналогичного периода прошлого года.