Б-396 находилась в составе 4-й Краснознаменной эскадры подводных лодок Северного флота. Выполняла боевые задачи в Средиземном, Баренцевом и Норвежском морях, Атлантическом океане. В 1991 году после выхода приказа о департизации армии лишена звания "Новосибирский комсомолец". Выведена из состава ВМФ 1 мая 1998 года и отправлена в отстой.
В конце 90-х годов мэр Москвы Юрий Лужков решил создать в Москве музей ВМФ, в числе экспонатов которого были бы настоящие боевые корабли. Среди вариантов, предложенных мэру, был даже артиллерийский крейсер "Михаил Кутузов" водоизмещением 16,3 тыс. т, однако в итоге Юрий Лужков остановился на подводной лодке Б-396 и сторожевике "Дружный". После этого в октябре 2000 года лодку начали переоборудовать в музей на заводе "Севмаш". С нее убрали три из четырех дизельных двигателей, часть торпедных аппаратов, расширили проходы, установили двери в корпусе. В августе 2003 года субмарину перевезли в Москву, срезав рубку, чтобы она могла пройти под мостами. Переоборудование Б-396 и ее транспортировка обошлись правительству столицы в 86 млн руб.3 ноября 2003 года премьер Михаил Касьянов подписал распоряжение #1580-р о передаче Б-396 в собственность Москвы при условии использования "исключительно в качестве музейного экспоната". Рассматривалось несколько вариантов размещения лодки: на Москве-реке у набережной Тараса Шевченко, в районе ЦПКИО у пешеходного моста "Багратион", возле памятника Петру I и даже возле Музея вооруженных сил. 25 ноября 2003 года правительство столицы решило включить Б-396 в состав музейно-мемориального комплекса истории военно-морского флота России в районе парка "Северное Тушино".