Сбыт продукции и ценообразование, связанное с ним. Независимые нефтяные компании реализуют 35-40% нефти на зарубежных рынках и 60-65% — на внутреннем. Отсутствие цивилизованного внутреннего рынка нефти и независимых перерабатывающих мощностей вынуждает МСНП продавать нефть по бросовым ценам, снижающимся в период сезонных колебаний до $4-6 за баррель. По подсчетам ассоциации, сегодня средняя внутренняя цена нефти на 30% ниже уровня 2000 года.
Налогообложение. С 1 января 2002 года введен порядок обложения налогом на добычу полезных ископаемых (НДПИ), не учитывающий специфику МСНП. В декабре 2002 — январе 2003 года НДПИ превысил 90% от всей выручки. С одной стороны, цена, по которой у МСНП закупалась нефть, снизилась в четыре раза по сравнению с летним периодом (до 1 тыс. руб./т), с другой — с них взимался НДПИ в размере 991 руб./т за счет высокой экспортной цены. То есть выручки от реализации нефти на внутреннем рынке едва хватало только на этот платеж.Доступ к инфраструктуре. Зачастую МСНП, не имея собственной производственной инфраструктуры, вынуждены пользоваться инфраструктурой ВИНК. Крупные компании нередко предоставляют свои мощности (например, межпромысловые нефтепроводы) на кабальных условиях, используя свое монопольное положение.
Лицензионный режим. МСНП, по сути, лишены возможности приобрести лицензии, когда их конкурентом выступает крупный нефтяной холдинг. Чтобы конкуренция была реальной, необходимо проводить для МСНП специальные конкурсы и аукционы для приобретения прав на эксплуатацию месторождения.