Доступ к госсекретам МДМ-банк получил в 1998 году вместе с правом на обслуживание межправительственного контракта ВОУ-НОУ по продаже высокообогащенного оружейного урана в США. Однако в 2000 году паспорт сделки на контракт, оценивающийся в $12 млрд, был переведен из МДМ-банка в Конверсбанк, который в тот момент находился под контролем Андрея Мельниченко. Приостановка в 2001 году лицензии ФСБ на доступ МДМ-банка к госсекретам пришлась как раз на период передела банками "атомных" денег. Параллельно банк активно занялся оборонкой. В числе реализованных МДМ-банком на этом рынке проектов — кредитная линия на $50 млн ФГУП "Рособоронэкспорт"; кредитная линия ОАО "Судостроительная компания 'Алмаз'" (Санкт-Петербург) в рамках предэкспортного финансирования строительства двух десантных кораблей проекта "Зубр" по заказу министерства национальной обороны Греции; кредит в $10 млн заводу "Северная верфь" в рамках контракта на поставку эсминцев в Китай; кредит ГУП "Завод 'Двигатель'" в размере $1,5 млн под контракт на поставку торпед для ВМС Индии и др.
