В декабре 1998 года кабинет потрясли сразу две громкие отставки: министр торговли и промышленности Питер Мандельсон и главный казначей министерства финансов Джеффри Робинсон ушли из правительства. Причиной стали сообщения в прессе о том, что господин Робинсон предоставил господину Мандельсону беспроцентный (и так и не возвращенный) кредит в 373 тыс. фунтов стерлингов ($550 тыс.) на покупку квартиры в Лондоне.
В июле 1999 года господин Блэр сам попросил двух коллег написать прошения об отставке — администрацию покинули первый замглавы МИДа Тони Ллойд, не справившийся с ситуацией в Сьерра-Леоне, и первый замминистра социальной политики Франк Филд, чья программа развития показалась премьеру чересчур левой. Господин Ллойд, однако, продолжил международную деятельность: в настоящее время он возглавляет британо-российскую межпарламентскую группу.В январе 2001 года Питеру Мандельсону, вернувшемуся в правительство на должность министра по делам Северной Ирландии, вновь пришлось писать заявление об уходе. В газетах появились сообщения о том, что он лично ходатайствовал в МВД о предоставлении британского гражданства спонсору Лейбористской партии индийскому предпринимателю Гопичанду Хиндудже. Тогда же в отставку подал и министр по делам окружающей среды Майкл Мичер — газета The Guardian уличила министра, всегда подчеркивавшего свои социалистические убеждения, во владении 12 домами на общую сумму 2 млн фунтов стерлингов ($3 млн).
В мае 2002 года в отставку подал министр транспорта Великобритании Стивен Байерз. Его обвиняли в обмане парламента и нарушениях в ходе национализации железнодорожной компании Railtrack. Министр заявил, что уходит для того, чтобы "не мешать лейбористскому правительству".
В октябре 2002 года свой пост покинула министр образования Эстель Моррис. Ее формулировка была беспрецедентной: экс-министр заявила, что не считает себя способной к такой ответственной работе. В июне нынешнего года госпожа Моррис была назначена на должность замминистра культуры.
В марте 2003 года в правительстве Тони Блэра впервые произошла отставка по принципиальным соображениям. Министр — председатель палаты общин Робин Кук покинул кабинет в знак протеста против начала войны в Ираке, которую он считал необоснованной и неразумной. Уходя, господин Кук заявил, что в Ираке нет оружия массового уничтожения.
В мае 2003 года практически по той же причине — из-за несогласия с результатами войны в Ираке — из правительства ушла министр международного развития Клэр Шорт. Она посчитала, что Тони Блэр нарушил данное ей перед началом операции обещание предоставить ООН главенствующую роль в послевоенном Ираке.