Премьер-министр России Дмитрий Медведев подписал распоряжение о назначении Елены Бойко заместителем министра здравоохранения Российской Федерации. Документ размещен на сайте правительства.
Елена Бойко с 2006 года по ноябрь 2012 года работала руководителем отдела бизнес-сопровождения в ГК «ЦФТ — Центр финансовых технологий», ЗАО «Золотая корона», направления процессинговых сервисов, реализовывала проект «Транспортные и социальные карты» (безналичная оплата проезда при помощи бесконтактных технологий в десяти регионах России).
В ноябре 2012 года перешла в Министерство связи и массовых коммуникаций Российской Федерации в должности заместителя директора департамента государственной политики в области информатизации органов власти. С конца июля 2014 года занимала пост директора ИТ-департамента Минздрава России.