23 июня 1990 года Молдавская ССР провозгласила суверенитет. 3 сентября того же года был учрежден пост президента, который постановлением Верховного совета республики занял его председатель Мирча Снегур. В декабре 1991 года он снова был избран на всенародных, но безальтернативных выборах. Против его кандидатуры высказались только 1,8% проголосовавших, но уже в 1996 году Мирча Снегур проиграл выборы спикеру парламента Петру Лучинскому (45,98% голосов против 54,02%).
Летом 2000 года прошла конституционная реформа, наделившая парламент правом избрания главы государства. В декабре 2000 года депутаты трижды не смогли выбрать президента, что привело к досрочным парламентским выборам. В апреле 2001 года лидер победивших на них коммунистов Владимир Воронин набрал 71 из 89 голосов и стал президентом. В 2005 году он был переизбран 75 голосами.
В апреле 2009 года парламентские выборы, по итогам которых коммунисты получили 60 мандатов из 101, привели к массовым волнениям и захвату зданий администрации президента и парламента. После двух неудачных попыток избрать президента снова были объявлены досрочные парламентские выборы, но новый состав дважды не сумел избрать главу государства. Обязанности президента исполняли лидеры Либеральной партии Михай Гимпу (2009–2010) и Демпартии Мариан Лупу (2010–2012), а с 23 марта 2012 года «техническим» президентом был избран беспартийный председатель Высшего совета магистратуры республики Николае Тимофти.
4 марта 2016 года Конституционный суд Молдавии постановил, что внесенные в 2000 году поправки в конституцию, передавшие право избрания президента парламенту, были антиконституционными. Первые с 1996 года прямые выборы были назначены на 30 октября.