6 ноября 2012 года президент Владимир Путин отправил Анатолия Сердюкова в отставку с поста министра обороны, «чтобы создать условия для объективного расследования» дела о мошенничестве в подконтрольном Минобороны холдинге «Оборонсервис». Ущерб от хищений оценивался в 6,7 млрд руб.
14 ноября источник «Интерфакса» сообщил, что господин Сердюков назначен советником гендиректора госкорпорации «Ростехнологии». На следующий день в компании эту информацию опровергли. 22 ноября экс-министр был выведен из наблюдательного совета «Ростеха».
С декабря 2012-го по июль 2013 года господин Сердюков несколько раз допрашивался в СКР в качестве свидетеля по различным эпизодам дела «Оборонсервиса».
15 ноября 2013 года адвокат экс-министра Константин Ривкин сообщил, что с 1 ноября Анатолий Сердюков приступил к работе в качестве гендиректора Федерального исследовательского испытательного центра машиностроения, который входит в один из холдингов «Ростеха». Предприятие с выручкой 25 млн руб. занимается разработкой и испытаниями тракторов и сельхозтехники.
28 ноября СКР возбудил в отношении экс-министра дело по ч. 1 ст. 293 УК РФ «Халатность», обвинив господина Сердюкова в незаконном строительстве автодороги в Астраханской области за счет бюджета Минобороны. 6 декабря экс-министру было предъявлено официальное обвинение по этой статье.
14 февраля 2014 года Главное военное следственное управление СКР вынесло постановление о применении в отношении Анатолия Сердюкова амнистии в честь 20-летия Конституции. Он был освобожден от уголовного преследования как военнослужащий, защищавший отечество в период боевых действий с Грузией.
С февраля 2014 года Госдума четырежды отказывалась начать парламентское расследование в отношении экс-министра, на котором настаивали КПРФ, ЛДПР и «Справедливая Россия».