3 октября 2000 года из колонии-поселения в Кировской области был условно-досрочно освобожден нижегородский предприниматель Андрей Климентьев, осужденный в 1998 году на шесть лет за хищение валютного кредита и клевету. Находясь в колонии, бизнесмен в июле 1998 года безуспешно пытался стать кандидатом на выборах мэра Нижнего Новгорода.
14 декабря 2000 года президентским указом был помилован американец Эдмонд Поуп, осужденный в том же месяце на 20 лет лишения свободы за шпионаж в пользу США. По данным ФСБ, в России он собирал данные о реактивной торпеде «Шквал».
18 июня 2003 года Суд города Энгельса Саратовской области удовлетворил прошение об УДО лидера запрещенной радикальной Национал-большевистской партии Эдуарда Лимонова. Ранее, 15 апреля того же года, Саратовский облсуд приговорил его к четырем годам за незаконное приобретение и хранение огнестрельного оружия. Суд учел положительные характеристики осужденного и ходатайства депутатов Госдумы о его освобождении.
С 2007 года Димитровградский горсуд Ульяновской области четырежды отказывал в условно-досрочном освобождении бывшему полковнику Юрию Буданову, осужденному в 2003 году на десять лет за похищение и убийство 18-летней чеченки Эльзы Кунгаевой. 24 декабря 2008 года его пятое прошение было удовлетворено. 15 января 2009 года Буданов вышел на свободу, не досидев из назначенного срока один год и три месяца. В июне 2011 года он был застрелен в Москве.
Весной 2008 года бывшая сотрудница правового управления НК ЮКОС Светлана Бахмина, отсидевшая более половины из назначенных ей судом шести с половиной лет колонии, обратилась с ходатайством об условно-досрочном освобождении. Одобрение УДО администрацией колонии и местной прокуратурой, а также беременность Светланы Бахминой были дважды (в мае и сентябре) проигнорированы судом. Лишь 21 апреля 2009 года Преображенский суд столицы вынес положительное решение.
31 января 2011 года Менделеевский райсуд Татарстана удовлетворил заявление бывшего пресс-секретаря президента республики Ирека Муртазина об условно-досрочном освобождении. В ноябре 2009 года он был признан виновным в «разжигании социальной розни» и приговорен к году и девяти месяцам заключения.
20 декабря 2013 года президент Владимир Путин подписал указ о помиловании экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского, в тот же день он вышел на свободу. Бизнесмен провел в заключении более десяти лет по обвинениям в мошенничестве, неуплате налогов и других преступлениях. 24 января 2014 года на свободу досрочно вышел другой фигурант дела ЮКОСА — экс-глава МФО МЕНАТЕП Платон Лебедев, которому президиум Верховного суда накануне сократил наказание до отбытого.