Первым президентом Российского футбольного союза в 1992 году стал бывший председатель Федерации футбола СССР Вячеслав Колосков. Несмотря на то что сборная долгое время не показывала выдающихся результатов, о его возможной отставке всерьез заговорили только осенью 2004 года — после конфликта с главой Федерального агентства по физкультуре, спорту и туризму Вячеславом Фетисовым. Формальными претензиями стали провальное выступление на чемпионате Европы-2004 и неудачное начало отбора к чемпионату мира-2006. Фактически судьба господина Колоскова была решена 18 ноября, когда на встрече с членами фракции «Единая Россия» президент Владимир Путин заявил, что он — «хороший человек, но не справляется с работой в новых условиях». 27 января 2005 года Вячеслав Колосков подал в отставку, заявив, что принимал решение самостоятельно, хотя и «посоветовался с товарищами из Кремля».
2 апреля 2005 года новым президентом РФС был избран поддержанный Кремлем экс-президент «Зенита», сенатор Виталий Мутко. В 2008 году он был одновременно назначен министром спорта, туризма и молодежной политики, а 23 октября 2009 года президент Дмитрий Медведев потребовал заменить в течение месяца возглавляющих российские спортивные федерации чиновников «профессионалами, уделяющими своему виду спорта 24 часа в сутки». Ровно через месяц господин Мутко подал заявление об отставке. До следующих выборов и. о. главы РФС работал советский футболист и тренер Никита Симонян.
3 февраля 2010 года большинством голосов (95 из 109 делегатов) президентом РФС был избран экс-президент «Зенита» Сергей Фурсенко. 25 июня 2012 года на встрече с Владимиром Путиным господин Фурсенко объявил о своей отставке. Поводом стал провал сборной на Евро-2012 — она не пробилась в плей-офф, заняв третье место в группе с Чехией, Грецией и Польшей. Однако, по мнению экспертов, отставка Сергея Фурсенко была на самом деле инициирована еще до старта чемпионата Европы. Ее реальными причинами стали постоянные скандалы в РФС и неудовлетворительная работа по подготовке к чемпионату мира 2018 года. Вскоре после отставки Сергей Фурсенко вошел в Совет при президенте РФ по развитию физкультуры и спорта. И. о. главы РФС вновь стал Никита Симонян.
3 сентября 2012 года победу на выборах президента РФС одержал исполнительный директор Олимпийского комитета России Николай Толстых, в упорной борьбе одолевший главу Российской футбольной премьер-лиги Сергея Прядкина. Во втором туре голосования господин Толстых получил 148 голосов, господин Прядкин — 124.