Алексей Герман родился 1976 году в Ленинграде в семье кинорежиссера Алексея Германа (старшего) и сценариста Светланы Кармалиты. Внук писателя Юрия Германа.
В 2001 году окончил режиссерский факультет ВГИКа (мастерская Сергея Соловьева и Валерия Рубинчика), работал на киностудии "Ленфильм". Снял короткометражки "Осеннее поле" и "Дурачки" и три полнометражных фильма — "Последний поезд" (2003), Garpastum (2005), "Бумажный солдат" (2008). Удостоен двух премий "Ника" (2005, 2008). "Бумажный солдат" получил "Серебряного льва" на Венецианском фестивале за лучшую работу режиссера, а также премию "Озелла" за лучшую операторскую работу.