27 марта 1996 года Генпрокуратура возбудила дело о растрате против председателя заксобрания Петербурга Юрия Кравцова. 30 октября в Совет федерации (СФ) был направлен запрос о лишении неприкосновенности, но он был отклонен. Дело закрыли за отсутствием состава преступления.
Весной 2006 года Генпрокуратура возобновила дело о хищении в 1997 году $231 млн в МАПО «МиГ» в отношении сенатора от Пензенской области Андрея Вавилова. 10 января 2007 года Верховный суд вынес решение о наличии в действиях господина Вавилова состава преступления, но в 2008-м дело закрыли за истечением срока давности.
С апреля 2005 года расследовалось дело о контрабанде через дальневосточные таможни товаров из Китая и Кореи, в организации которой подозревался сенатор от Приморского края Игорь Иванов. 15 мая 2006 года по инициативе спикера СФ он был отстранен от должности. Вскоре он покинул страну и был объявлен в розыск.
2 июня 2006 года в офисе «Трансаэро» в ходе спецоперации ФСБ у сенатора от Калмыкии Левона Чахмахчяна были изъяты $300 тыс. Следствие заподозрило его в вымогательстве взятки. 23 июня 2006 года СФ прекратил полномочия господина Чахмахчяна. В 2008-м экс-сенатор получил семь с половиной лет заключения, досрочно освобожден в 2011 году.
В ноябре 2006 года Мосгорсуд принял к производству дело кингисеппской группировки, по которому проходил сенатор от Башкирии Игорь Изместьев. 13 декабря СФ прекратил его полномочия. 16 января 2007 года он был арестован по обвинению в организации двух убийств. 28 декабря 2010 года приговорен к пожизненному заключению.