Днем основания РУОП считается 17 февраля 1993 года, когда вышло соответствующее распоряжение тогдашнего начальника ГУВД Москвы Владимира Панкратова. Личный состав новой структуры был сформирован из сотрудников МУР, УЭП, УНОН и МВД. Бессменный начальник — генерал-майор Владимир Рушайло. Основная задача — противостояние организованной преступности. Направление деятельности — незаконный оборот оружия, коррупция, вымогательство и захват заложников, этническая преступность, воры в законе, иностранные преступные группировки. Ударная сила — специальный отряд быстрого реагирования (СОБР).
С 1993 года подразделениями управления пресечена деятельность около 2 тыс. преступных групп, раскрыто свыше 2,5 тыс. преступлений.