Генеральный директор — маршал Евгений Шапошников.
Совет директоров: Евгений Шапошников, первый зам гендиректора АО Николай Глушков, начальник цеха Анатолий Карасев, начальник службы бортпроводников Тамара Якубовская. Кроме того, в состав совета войдут пять членов коллегии представителей государства, чьи кандидатуры (зампред правительства, председатель ГКИ А. Казаков, начальник отдела ФСБ С. Дробышевский, ведущий штурман-наставник "Аэрофлота" В. Окулов, замдиректора Федеральной авиационной службы В. Соломатин и замминистра транспорта С. Франк) позже будут утверждены правительством.
Ревизионная комиссия: замдиректора департамента по финансам "Аэрофлота" Феликс Батеев, главный бухгалтер центра международных расчетов "Аэрофлота" Валентина Ермакова, директор контрольно-ревизионного директората "Аэрофлота" Владимир Казанский.